La valorisation agricole des matières organiques impose de définir les bons indicateurs permettant de rechercher le fertilisant organique adapté à telle ou telle culture. Le fabricant ou l'agriculteur doivent donc disposer d'indicateurs de qualité des fertilisants organiques (MOA) selon les objectifs poursuivis : humification et/ou libération des nutriments, phytotoxicité, risque environnemental, activité biologique.